MINC : Un format flexible et multimodal pour les données d'imagerie médicale, accompagné de bibliothèques de programmation et d'outils de manipulation et de visualisation de fichiers.

CBRAIN : Logiciel Web reliant les chercheurs en neuroimagerie aux centres de calcul de haute performance au Canada et dans le monde, permettant des analyses à forte intensité de calcul.

Brainstorm : Une application collaborative à code source ouvert dédiée à l'analyse de divers enregistrements cérébraux, notamment MEG, EEG, fNIRS, ECoG, électrodes profondes et neurophysiologie invasive animale.

CIVET : Un pipeline de traitement d'images pour l'analyse volumétrique, corticométrique et morphométrique entièrement automatisée des données d'imagerie cérébrale humaine (IRM).

VoxelStats : Un progiciel MATLAB pour l'analyse d'images cérébrales multimodales voxel par voxel, développé par le Translational Neuroimaging Laboratory.

NeuroPM-box : La boîte à outils Neuroinformatics for Personalized Medicine.