Le manuel « ImageJ for microscopy » du MBF était une ressource en ligne accessible de 2007 jusqu'en octobre 2012. Ce manuel décrivait une collection d'environ 200 extensions soigneusement rassemblées et organisées par Tony Collins de la McMaster Biophotonics Facility (MBF). Tony avait initialement créé cette collection en 2005 alors qu'il travaillait au Wright Cell Imaging Facility (WCIF), puis a continué à la mettre à jour après son arrivée au MBF jusqu'en décembre 2009. Bien que la collection d'extensions soit toujours accessible sur le site Web d'ImageJ, le site hébergeant le manuel est désormais hors ligne.

Nous avons mis en ligne un site miroir de la dernière version accessible du manuel MBF ImageJ. Veuillez toutefois noter que la collection d'extensions et le manuel ne sont plus à jour depuis plusieurs années, et que certaines extensions ne fonctionnent plus avec les versions récentes d'ImageJ.

Par conséquent, plutôt que d'utiliser les extensions MBF ImageJ, nous invitons les utilisateurs à consulter les tutoriels Scientific Imaging sur ce wiki. Beaucoup d'entre eux ont été adaptés de la documentation MBF ImageJ, mais décrivent des fonctionnalités offertes dans Fiji à partir du site de mise à jour Cookbook, qui comprend plusieurs extensions distribuées à l'origine avec MBF ImageJ.