Le logiciel Agilent CGH Analytics Software est un outil bio-informatique conçu pour l'analyse des données d'hybridation génomique comparative (CGH). Il offre une plateforme pour le traitement, la visualisation et l'interprétation des biopuces CGH, utilisées pour détecter les variations du nombre de copies (CNV) dans le génome. Ce logiciel aide les chercheurs à repérer les anomalies génomiques et les biomarqueurs fondés sur le nombre de copies dans divers domaines comme l'oncologie, la neurologie et la cytogénétique. Il intègre des algorithmes statistiques robustes permettant de localiser efficacement les régions d'amplification ou de délétion génomique associées à des maladies à partir de grands volumes de données d'aCGH. Il prend en charge l'importation de données provenant de diverses plateformes de micropuces, y compris à haute densité, et permet l'analyse combinée des données de CGH et d'expression génique afin d'identifier les gènes influencés par les variations du nombre de copies. Il propose des algorithmes novateurs pour la détection d'aberrations ainsi qu'une modélisation propriétaire des erreurs afin de réduire les faux positifs. Agilent CGH Analytics est couramment utilisé dans la recherche sur le cancer, les anomalies du développement et les études sur la prédisposition aux maladies ainsi que la réponse différentielle aux médicaments. Il permet aux chercheurs de visualiser les régions aberrantes dans des échantillons uniques ou multiples grâce à des représentations intuitives et des affichages de type carte thermique (heatmap). Le logiciel peut rapporter les aberrations détectées avec des scores fondés sur les sondes ou sur les intervalles, et permet de sauvegarder les listes de gènes associées aux régions aberrantes pour des analyses complémentaires. Il comprend un système d'aide en ligne intégré et bénéficie du soutien du réseau mondial d'assistance d'Agilent. Il offre une grande polyvalence en permettant l'importation et l'analyse de fichiers Agilent et non-Agilent. Il peut analyser des données d'expression génique standard ou personnalisées en parallèle des données d'aCGH, et son architecture modulable à base de plug-ins optimise l'analyse des données en facilitant l'identification des gènes dont l'expression et le nombre de copies varient, la localisation précise des points de cassure des aberrations ainsi que la détection d'aberrations de plus petite taille.