Cette ressource numérique est un protocole détaillé pour réaliser des expériences d'expression génique sur micropuces à une couleur. L'analyse sur micropuce à une couleur utilise un seul marqueur fluorescent (p. ex., Cy3) par échantillon, chaque échantillon étant hybridé sur une puce distincte. Cela diffère des micropuces à deux couleurs, où deux échantillons sont co-hybridés sur une seule puce. Le protocole décrit l'ensemble du processus, de l'extraction de l'ARN à l'analyse des données. Le flux de travail comprend généralement l'extraction de l'ARN total, l'évaluation de la qualité (p. ex., avec NanoDrop ou Bioanalyzer), le marquage des échantillons avec un seul fluorochrome (p. ex., Cy3-UTP), la purification et la quantification de l'ARNc, la conception de l'hybridation sur micropuce, le blocage, l'hybridation, le lavage et la numérisation. Il met l'accent sur les points de contrôle de qualité critiques pour garantir des données fiables. Les micropuces à une couleur sont largement utilisées pour les études d'expression génique différentielle, l'évaluation des effets de traitements, la découverte de biomarqueurs et les suivis cinétiques. L'un des principaux avantages réside dans la simplicité du plan expérimental, particulièrement lorsque le nombre d'échantillons est grand ou inconnu, car aucun échantillon de référence n'est strictement requis pour une comparaison sur la même puce. Cela offre une plus grande souplesse de configuration et peut être plus économique pour certains projets d'étude. Ce protocole s'avère précieux pour les chercheurs en génomique, en biologie moléculaire et en biologie des systèmes réalisant des profils d'expression génique. Il fournit une approche standardisée garantissant une reproductibilité et une sensibilité élevées dans la mesure des niveaux d'expression génique, ce qui en fait un document de référence pour les laboratoires utilisant la technologie des micropuces à une couleur.