Ce dépôt contient une collection de scripts R adaptés à diverses analyses dans le cadre de la recherche sur l'épinoche. L'épinoche à trois épines (Gasterosteus aculeatus) est un organisme modèle reconnu en biologie évolutive, particulièrement pour l'étude de l'adaptation, de la spéciation et des bases génétiques de la diversité phénotypique. Ces scripts offrent une boîte à outils polyvalente aux chercheurs travaillant sur des données génomiques, phénotypiques et écologiques d'épinoches. Développés en R, ces scripts exploitent ses capacités statistiques et graphiques étendues. Bien que les fonctions spécifiques de chaque script puissent varier, ils prennent généralement en charge des tâches courantes en génomique et en analyse évolutive de l'épinoche. Cela peut inclure le traitement de données de séquençage de nouvelle génération, la réalisation d'analyses de génétique des populations (par exemple, calculs de Fst, hétérozygotie, analyse en composantes principales), l'analyse de données phénotypiques ou la production de visualisations pertinentes pour les études sur l'épinoche. Certains scripts peuvent être conçus pour des analyses génomiques ciblées, telles que celles liées au flux génique, à l'introgression ou à l'identification de régions génomiques sous sélection. Les scripts sont conçus pour être exécutés dans un environnement R, en faisant potentiellement appel à divers paquets R couramment utilisés en bio-informatique et en génétique des populations. Cette ressource numérique est précieuse pour les chercheurs en biologie évolutive, en génomique des populations et en génétique écologique qui étudient les épinoches ou des organismes modèles similaires. Elle répond à un large éventail de questions de recherche, allant de la caractérisation de l'architecture génétique des traits adaptatifs à la compréhension de l'histoire démographique des populations. Ses avantages comprennent la simplification des flux de travail pour l'analyse des données, le renforcement de la reproductibilité de la recherche et la mise à disposition d'outils prêts à l'emploi pour les analyses courantes liées à l'épinoche. Les scripts sont compatibles avec les installations R standard et peuvent être adaptés à différents jeux de données issus de populations d'épinoches.