Ce dépôt de code R porte sur l'héritabilité de la méthylation de l'ADN chez les épinoches, un domaine de recherche névralgique en épigénétique et en biologie évolutive. La méthylation de l'ADN, une modification épigénétique, peut influencer l'expression génique et la variation phénotypique, et son caractère héréditaire peut contribuer à une adaptation rapide ainsi qu'à la plasticité transgénérationnelle en réponse aux changements environnementaux . Ces scripts fournissent le cadre informatique permettant d'étudier comment les profils de méthylation de l'ADN se transmettent d'une génération à l'autre chez Gasterosteus aculeatus. Les scripts sont rédigés en R, un langage de programmation statistique puissant. Ils sont conçus pour analyser des données issues du séquençage au bisulfite à représentation réduite (RRBS) ou de méthodes similaires utilisées pour quantifier la méthylation de l'ADN à l'échelle du génome . Les capacités techniques comprennent le calcul des estimations d'héritabilité pour des sites CpG précis ou des régions génomiques, la réalisation d'analyses de locus de caractères quantitatifs de méthylation (meQTL) afin d'identifier les variants génétiques influençant les niveaux de méthylation, et l'évaluation des contributions relatives des changements régulateurs en cis et en trans à la variation de la méthylation . L'analyse peut faire appel à des modèles statistiques pour tenir compte de la parenté génétique et des facteurs environnementaux, et pourrait inclure une analyse en composantes principales des profils de méthylation . Cette ressource numérique est particulièrement pertinente pour les chercheurs en épigénétique, en biologie évolutive et en génomique environnementale. Elle appuie les études sur le rôle de l'épigénétique dans l'adaptation, la plasticité phénotypique et l'interaction entre l'hérédité génétique et épigénétique. Les applications comprennent la compréhension de la façon dont les facteurs environnementaux (p. ex., la température, la salinité) peuvent induire des modifications épigénétiques héréditaires, ainsi que l'exploration du potentiel des mécanismes épigénétiques à faciliter des réponses évolutives rapides . Les avantages comprennent la mise à disposition d'outils analytiques robustes pour les jeux de données épigénétiques complexes et la contribution à une meilleure compréhension des mécanismes sous-jacents à la diversité phénotypique et à l'adaptation. Le code est compatible avec les installations R standards et est conçu pour fonctionner avec des données de séquençage au bisulfite provenant de populations d'épinoches.