Le C3G propose l'analyse ChIP-Seq (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing) et ATAC-Seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing) pour mettre en lumière les interactions ADN-protéines, les modifications d'histones et l'accessibilité de la chromatine à l'échelle du génome. Ces techniques fournissent des informations précieuses sur le paysage régulateur du génome, révélant les modifications épigénétiques et les mécanismes de contrôle transcriptionnel.

Pour le ChIP-Seq et l'ATAC-Seq, le C3G fournit :

• Une liste de pics significatifs, annotés avec leurs coordonnées génomiques, comprenant la distance au gène le plus proche et l'annotation génique afin d'en évaluer la pertinence régulatrice.
• Une analyse d'enrichissement de motifs pour repérer les sites de liaison potentiels de facteurs de transcription et les éléments régulateurs.
• Des pistes de visualisation épigénétique, générées à l'aide de UCSC Genome Browser ou de WashU Epigenome Browser, permettant une exploration interactive des caractéristiques de la chromatine.
• Des profils métagéniques et des cartes thermiques de densité d'enrichissement, produits avec ngs.plot ou HOMER, offrant un aperçu de la distribution du signal le long des corps de gènes et des régions régulatrices.
• Une analyse différentielle de liaison et d'accessibilité de la chromatine, réalisée en fusionnant les pics entre les groupes d'échantillons pour constituer un ensemble de pics de référence à des fins de comparaison.

Pour offrir une perspective multi-omique, les jeux de données ChIP-Seq et ATAC-Seq peuvent être intégrés à l'ARN-Seq afin de corréler les variations épigénétiques à l'activité transcriptionnelle, permettant aux équipes de recherche d'élaborer un modèle complet de régulation génique.

L'expertise du C3G en profilage de la chromatine et génomique régulatrice garantit des résultats reproductibles et de haute qualité, faisant de ses services de ChIP-Seq et ATAC-Seq un outil performant pour l'étude de l'épigénétique, de la régulation des gènes et de la dynamique chromatinienne.