Le séquençage de l'ARN (RNA-Seq) compte parmi les services les plus demandés au Centre canadien de génomique computationnelle (C3G). Son équipe d'experts offre une analyse RNA-Seq complète pour aider les chercheurs à dégager des conclusions pertinentes à partir de données transcriptomiques. Ce service comprend les étapes essentielles de prétraitement, telles que l'alignement, l'assemblage et la quantification des niveaux d'expression génique.

Pour assurer l'intégrité et la fiabilité des données, un contrôle de la qualité (CQ) rigoureux et une analyse exploratoire des données (EDA) sont effectués, y compris l'analyse en composantes principales (ACP) pour évaluer la variabilité des données. L'analyse d'expression différentielle est réalisée à l'aide de modèles linéaires, ce qui permet aux chercheurs de repérer les gènes présentant des variations d'expression significatives selon différentes conditions.

De plus, le C3G propose des visualisations personnalisées pour communiquer efficacement les observations et interpréter les résultats. D'autres options d'analyse comprennent l'analyse de voies métaboliques et de jeux de gènes, la détection de variants mononucléotidiques exprimés (eSNV), la détection de gènes de fusion et la déconvolution. Leur expertise couvre également des applications spécialisées comme l'analyse de xénogreffes dérivées de patients (PDX), la décontamination de données et l'analyse de l'épissage alternatif, assurant ainsi une approche rigoureuse et adaptée pour la recherche en transcriptomique.