Le C3G propose l'analyse Hi-C pour cartographier les interactions de la chromatine à longue distance, permettant aux chercheurs d'explorer la structure tridimensionnelle (3D) du génome. En capturant l'organisation spatiale du génome, le Hi-C permet de comprendre les domaines topologiquement associés (TAD), la formation de boucles de chromatine et les interactions entre éléments régulateurs qui influencent l'expression génique.

Le pipeline Hi-C du C3G comprend :

• Le prétraitement, incluant l'alignement et le filtrage des paires de lectures pour générer des matrices de contact de haute qualité.
• Le contrôle de la qualité (CQ) selon les normes ENCODE, garantissant la fiabilité et la reproductibilité des données.
• L'annotation des domaines TAD, identifiant les régions du génome interagissant fréquemment et contribuant à l'organisation régulatrice.
• La visualisation et l'intégration des données, permettant la comparaison avec d'autres ensembles de données génomiques, comme le ChIP-Seq, afin de corréler les interactions de la chromatine avec les éléments régulateurs.

L'expertise en Hi-C du C3G a contribué à des études génomiques intégratives, telles que :

• Lalonde, Simon, et al. "Integrative analysis of vascular endothelial cell genomic features identifies AIDA as a coronary artery disease candidate gene." Genome Biology 20.1 (2019): 1-13.

En tirant parti du séquençage Hi-C, les chercheurs peuvent décoder l'architecture de la chromatine, fournissant des informations essentielles sur la régulation génique, les interactions amplificateur-promoteur et les altérations génomiques associées aux maladies.