Le Centre canadien de génomique computationnelle (C3G) offre des services d'analyse complets pour les études de microbiome et de métagénomique, couvrant à la fois les approches par amplicons et de séquençage du génome entier (WGS). Ces services permettent aux chercheurs d'explorer les communautés microbiennes avec une grande précision, de la classification taxonomique à l'annotation fonctionnelle.

Pour la métagénomique par amplicons (16S, 18S, ITS, COI), le C3G propose un flux de travail optimisé qui comprend le débruitage des lectures brutes en variants de séquence d'amplicons (ASV) à l'aide d'un pipeline basé sur dada2 ou QIIME. L'attribution taxonomique et l'annotation fonctionnelle permettent aux chercheurs de caractériser précisément les communautés microbiennes. Les livrables sont formatés pour une utilisation directe avec MicrobiomeAnalyst et Calypso, facilitant la création de visualisations de haute qualité prêtes pour la publication.

Au-delà de la métagénomique traditionnelle, le C3G est à l'avant-garde de l'innovation en métatranscriptomique, offrant des solutions de RNA-Seq de pointe pour étudier les communautés microbiennes actives. Ses pipelines intégrés permettent une analyse fonctionnelle approfondie, notamment la construction de réseaux métaboliques globaux KEGG et de réseaux de cooccurrence à partir de données WGS et 16S, fournissant un aperçu des interactions microbiennes et des fonctions écosystémiques.