Gladstone Institutes
Genomics Core
Single-cell, spatial and custom sequencing, from your cells or tissue to data, with QC along the way.
Traduit de l'anglais
1650 Owens Street, San Francisco, CA 94158
La plateforme
La plateforme de génomique réalise des projets de génomique et de séquençage pour les chercheurs d'établissements universitaires et d'entreprises, en agissant comme une extension de votre propre laboratoire : de la consultation et du contrôle de la qualité des échantillons, à la préparation des banques, jusqu'au séquençage.
L'approche de la plateforme consiste à vous consulter avant la conception de l'expérience : sur le protocole, la préparation des échantillons, l'expérience elle-même et l'analyse des données. Au besoin, la plateforme intègre 10x Genomics ou la plateforme de bio-informatique de Gladstone aux discussions.
La plateforme travaille en étroite collaboration avec les autres plateformes de Gladstone, le UCSF Center for Advanced Technology, le UCSF Core Immunology Lab et 10x Genomics, et intègre de nouvelles techniques au fil de leur développement.
Ce que la plateforme prend en charge
Cellule unique. Profilage d'expression génique 10x Genomics Chromium 3' et 5', profilage V(D)J, ATAC et Multiome (ATAC et expression génique), du partitionnement des cellules ou des noyaux à la préparation des banques et au séquençage, avec CQ à chaque étape.
Transcriptomique spatiale. Transcriptomique spatiale Visium sur tissus FFPE et congelés frais, réalisée conjointement avec la plateforme d'histologie et de microscopie photonique.
Banques sur mesure. Séquençage d'ADN et d'ARN, SMART-seq, séquençage d'amplicons, séquençage PacBio SMRT, criblages sur cellule unique basés sur CRISPR et plus encore, adaptés à votre projet.
Séquençage. Illumina NextSeq 2000 à Gladstone, et NovaSeq par l'entremise du UCSF Center for Advanced Technology.
Préparation d'échantillons et CQ. Extraction d'acides nucléiques, cisaillement de l'ADN et de la chromatine, Bioanalyzer et quantification par Qubit et qPCR.
Délais d'exécution
Les délais dépendent de la file d'attente au moment de la soumission. À titre indicatif :
Extraction d'ARN, Bioanalyzer et quantification : une semaine.
Préparation de banques : deux à trois semaines.
Séquençage sur le NextSeq 2000 : une semaine.
Les séquençages NovaSeq suivent la file d'attente du UCSF Center for Advanced Technology.
Travaux scientifiques réalisés sur la plateforme
Les articles ayant fait appel à la plateforme couvrent le développement cardiaque, la neuro-inflammation, le vieillissement et la régulation génique. Quelques exemples :
Transcriptional profiling and therapeutic targeting of oxidative stress in neuroinflammation. Nature Immunology, 2020.
Single-cell analysis of cardiogenesis reveals basis for organ-level developmental defects. Nature, 2019.
Ketogenic diet reduces midlife mortality and improves memory in aging mice. Cell Metabolism, 2017.
Disease model of GATA4 mutation reveals transcription factor cooperativity in human cardiogenesis. Cell, 2016.
L'onglet Publications en présente d'autres, chacun précisant le service utilisé.
Démarrer un projet
Choisissez un service et cliquez sur Demander un service. Décrivez vos échantillons et ce que vous souhaitez déterminer. Dès que la plateforme approuve la demande, le personnel communique avec vous pour organiser le dépôt des échantillons.
Utilisez les instruments de façon autonome. Après une formation avec le personnel, vous pouvez réserver le Bioanalyzer, le Covaris S2, le Qubit et le NextSeq 2000. Le NanoDrop est également mis à la disposition des chercheurs. Cliquez sur Demander une formation pour l'un d'entre eux.
Mentionnez la plateforme. Dans vos articles, remerciez la plateforme nommément, par exemple : "We thank [name] of the Gladstone Genomics Core for their assistance with [assay or project]." Informez également la plateforme dès la publication des travaux.
Contacter la plateforme
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Dépôt des échantillons
Envoyez d'abord votre demande. Dès que la plateforme l'approuve, le personnel communique avec vous pour coordonner le dépôt. Écrivez à la plateforme pour planifier une consultation ou une formation.