NIS-Elements est la plateforme logicielle d'imagerie complète de Nikon, offrant un environnement unifié pour l'acquisition, l'analyse et la visualisation de données de microscopie. Il assure le contrôle complet de presque toutes les solutions de microscopie Nikon et prend en charge l'imagerie multidimensionnelle sans faille, gérant la capture, l'affichage, le contrôle des périphériques et la gestion des données pour des images comptant jusqu'à six dimensions (X, Y, Z, Lambda (longueur d'onde), Temps et points Multi-Stage). Le logiciel comprend des fonctions perfectionnées de traitement d'images et de visualisation, telles qu'un visualiseur 5D, le comptage automatisé d'objets, la mesure d'intensité dans le temps, l'assemblage d'images (stitching), la déconvolution, la gestion de bases de données et des fonctions d'extension de la profondeur de champ (EDF), ce qui le rend adapté aux applications de recherche avancée et à l'archivage de grands volumes de fichiers d'images multidimensionnelles.